オーストラリア国内での飛行機乗り換えはできるという案内です。
国内線を乗り継いで日本へ帰国される方は参考にしてください。
●３月２０日の領事メール（下記リンク）で，同日午後８時（ＱＬＤ標準時間）からの入国禁止措置以降，豪州国民以外のトランジットは，原則許可されないとご連絡しましたが，これは，第三国から豪国内の空港を経由して日本等別の第三国に向かう場合にトランジットが許可されないものとなります。
https://www.brisbane.au.emb-japan.go.jp/downloads/cvirus20032020_4.pdf●豪国内の空港から出発し，豪州国内の空港で乗り継ぎを行い日本等の第三国へ向かう場合，この措置の対象とはなっていませんので改めてご連絡致します。
●なお，規制に関する情報は日々変化しており，既に多くの州や準州が，他州からの渡航者へ自己隔離を求める等の検疫措置を行うとしていますので，実際の乗り継ぎにあたっては，各州等政府の発表や報道等により最新の情報を入手し，ご利用の航空会社等にも確認するようお願いします。
●また，第三国からの国際線トランジットに際しては，特別の理由があれば，例外が認められる場合がありますので，下記のリンクをご参照の上，該当される方は手続きを行って下さい。なお，ニュージーランドから豪州を経由して，第三国へ向かう場合は，３月２６日正午（豪東部夏時間：ＱＬＤ標準午前１１時）まで認められます。
https://immi.homeaffairs.gov.au/help-support/departmental-forms/onlineforms/covid19-enquiry-form
引用元：
在ブリスベン日本国総領事館サイト
【新型コロナウイルス】豪国内の空港でのトランジット（乗り換え）について